Один из лучших боксеров Мигель Котто родился в Кагуасе (Пуэрто-Рико). На любительском уровне принимал участие в чемпионате мира среди юниоров 1998 года, проиграв в финале россиянину Антону Солопову. Участвовал в Панамериканских Играх 1999 года, уступив уже в первом поединке турнира. На чемпионате мира 1999 года также выступил неудачно, проиграв в первом же бою. В составе сборной Пуэрто-Рико принимал участие в Олимпийских играх 2000 года в Сиднее в весовой категории 64 кг, уступив в первом раунде Махамматкодиру Абдуллаеву из Узбекистана со счетом 7-17.
Первый бой на профессиональном ринге провел в феврале 2001 года, победив техническим нокаутом в первом раунде американца Джейсона Доусета.
В феврале 2003 года завоевал вакантный титул WBC International в первом полусреднем весе, победив техническим нокаутом в одиннадцатом раунде мексиканца Сезара Базана.
В сентябре 2004 года завоевал вакантный титул WBO в первом полусреднем весе, победив техническим нокаутом в шестом раунде бразильца Кельсона Пинто.
